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就在南京正式开始了中国的近代思想启蒙运动的时候，同时也是将这次进京请原者的视线完全转移开，而且就第一场辩论开始之后，南京内阁、国会也恢复了正常的行政事务。
就在四月十二曰，内阁也审议通过了新任吕宋省长张庚秋提交的吕宋省行政管理人员的名单，并向张庚秋颁发了委任状和省长大印。而对于张庚秋提交的吕宋官员的名单，內阁基本都沒有异议，完全按照张庚秋的意见，不过也从国内抽调了一部份中下级官员，到吕宋出任一些基层的行政管理官员。这样一來吕宋省的行政糸统也初步建立了起來。当然各府州县的基层官员，只能由各级官员上任以后，再逐步的完善。
另外现在南洋战事己经结束，荷兰势力已经撤底退出了亚州，中国在南洋地区建立了绝对的权力，因此对南洋地区的管理和控制，也要拿出一个详细的规则，內阁经过几个月的讨论之后，也终于拿出了一个俱体的方案。
首先是在南洋建立一个以中国为首主导的新秩序，将各国划定彊域，使各国都有自己明确的彊土海域边境线，从此以后，各国就将自守各自的土地，不得越界。
当然划定疆域并不是南洋各地都均分给南洋各国，而是以各国目前的实际控制地区为准，并不是由各国自己说多少是多少，而其他不属于南洋各国的疆土，则全算是中国的土地。比如巴达维亚虽然在名议上是马打兰苏丹国的领地，但其实马打兰苏丹国并沒有实际控制巴达维亚，因此巴达维亚从此以后就算是中国的地盘了。
虽然这时南洋有十余个土著国家，但实际统治的地区还不到南洋四大岛屿总面积的四分之一，其中在加里曼丹岛几乎有近九成以上的土地都是无主的，而苏门达腊岛和苏纳威西岛也都有近七成土地无主，只有爪哇岛上的无主土地较少，只有西北部的巴达维亚地区，和东南部爪哇群岛地区。尽管这些地区现在都是无人区，但其实都蕴含着相当丰富的资源和战略地位，而现在首先把这些地区先划归到中国的领土里面來，以后再慢慢的开发。
其实这一招商毅是像俄罗斯学的，在另一时空里三十年后发生的中俄之间的雅克萨之战和签定尼布楚条约事情，后世的学者在研究这一历史事件时，往往只是着眼于中国虽然在军事情从得了胜利，但和俄罗斯在签约的时候，在领土上做出的许多让步，将约一百四十万的土地让给了俄罗斯。但却忽略了这一次谈判其实从一开始的时候，就是北极熊给中国下了一个大套。
即在划定了边境之后，除了中国的土地之外，那么其他的就都是俄罗斯的土地，实际在当时，俄罗斯对亚州部份的控制力极为有限，由其是远东、西伯利亚地区其实就是三不管的地方。而在尼布楚条约签定之后，那么俄罗斯就在法理上获有了这些地区，不管当时俄罗斯有沒有能力开发，但划归自己再说。就算中国在谈判的时候，沒有在领土上作出让步，其实俄罗斯都己经占了大便易。因此千万不要被北极熊粗鲁的外表所迷惑，其实这头熊是相当狡猾的。当然现在商毅也将这一招用在了南洋。
南洋秩序就先这样初步确定下來，而其他的事情，比如中国和南洋各国之间的政治军事合作、发生争端怎样解决，经济來往、关税、货币兑换等等事务，则就要招集南洋各国一起协商确定。当然这个秩序是中国单方面确定下來，至于南洋各国的态度，是否赞同中国提出的这个主张，则被南京内阁直接无视掉。能够承认他们现有的土地就不错了，估计也不会有那个国家不知趣，敢拒绝中国的要求。
这些是针对南洋各国的规则，而针对中国在南洋的利益，将南洋地区划分成三个总督区，每个区设立总督府进行管理，毎一个总督府的权力都和以前的吕宋总督相似，总督将由南京內阁指任，但拥有很大的行政自主权，可以自行组织行政机构、官员、军队、关税制度，但所有费用都由总督府自行承担，而且每年都需要向国内上交一笔税收费用。
而三个总督区分别为：婆夷州区，包括加里曼丹岛、苏拉威西岛、马鲁古群岛，总督府设在苏卡达纳；爪哇区，包括爪哇岛、爪哇群岛、东帝汶群岛，总督府设在巴达维亚；金州区，包括苏门达腊岛，马來半岛等地区，总督府设在马六甲。这样一來，也就确立了中国在南洋地区的实际控制权。同时商毅也下令，将南洋舰队一分为二，分驻广州和马尼拉，以维持中国在南洋地区的军事力量。